แดง พระโขนง เล่าถึงเรื่องราวหลังจากผีนางนาก แห่งพระโขนง โดนสมเด็จโตปราบและได้นำปั้นเหน่งของนางนากไปบำเพ็ญเพียรกับพระมาก ทุ่งพระโขนงจึงสงบสุขเหมือนที่เคยเป็น 10 ปีต่อมาความสยองชวนขนหัวลุกได้กลับมาสู่ทุ่งพระโขนงอีกครั้ง เมื่อผีเด็กอาละวาดหลอกหลอนชาวบ้าน หลายคนเชื่อว่าเป็นฝีมือของ “ไอ้แดง” ลูกของนางนากที่สมเด็จโตไม่ได้นำร่างไปบำเพ็ญเพียรด้วย ทำให้ชาวพระโขนงต่างหวาดผวาและพยายามหาทางที่จะทำให้หมู่บ้านกลับมาสงบสุขดังเดิม